内蒙古自治区高校流程工业综合自动化重点实验室整体架构设计遵循高效、协同、创新的原则，旨在打造一个集科学研究、人才培养、技术服务为一体的综合性创新平台。重点实验室将设立学术委员会作为最高学术指导机构，负责审议研究方向、科研计划、成果评价等学术相关事务，学术委员会设主任1名，主任由国内外知名专家乔俊飞教授（北京工业大学党委副书记、国家杰青、长江学者）担任，负责召集和主持学术委员会会议，审议和决策实验室的重大学术事项。在行政架构上，设立实验室主任1名，全面负责实验室的日常管理、科研规划、团队建设以及对外合作交流等工作。实验室主任下设副主任2名，秘书1名，协助主任开展各项工作，分别负责科研管理、人才培养、设备管理、财务管理等具体事务。